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１．機関設計
株式会社の場合、もっともシンプルな機関でも、株主総会と取締役１名は必要ですが、合同会社は機関という概念はなく、原則として社員全員が業務を執行します。
定款の定めにより、一部の社員を業務執行社員として定めることや、社員の互選により代表社員を定めることも可能です。
２．役員の任期
株式会社の役員の任期は原則２年（監査役は４年）ですが、株式譲渡制限会社の場合は、定款の定めにより最長１０年まで伸長することができます。しかし合同会社は業務執行社員や代表社員を定めた場合でも、任期がありません。
３．定款自治
新会社法の施行により、株式会社も定款自治の範囲が拡大されました。しかし、合同会社では株式会社に比べてさらに広い範囲で定款自治が認められており、会社運営の自由度は、合同会社のほうが高いと言えます。
４．定款の変更
株式会社が定款を変更する場合、株主総会の特別決議による必要がありますが、合同会社の場合は、原則として総社員の同意が必要です。
５．決算の公告義務
株式会社には決算公告義務がありますが、合同会社には決算公告義務がありません。
６．会社設立時の定款の認証・印紙代
株式会社の場合は、公証人の認証を受ける必要がありますが、合同会社の定款は公証人の認証を受ける必要がありません。ただし、定款に貼付する印紙代４万円は株式会社・合同会社ともに必要です。なお電子定款による場合は、株式会社・合同会社ともに印紙代は不要です。
７．会社設立時の登録免許税
株式会社を設立するには登記の際に、最低15万円（資本金の1,000分の7）の登録免許税が必要です。合同会社設立の登録免許税は、最低６万円（資本金の1,000分の7）となります。 | 
